Skipulag sérkennslu er í samvinnu við skólastjóra. Sérkennslan er skipulögð með þarfir nemandans að leiðarljósi og stuðst er við greiningar sem nemendur eru með frá sérfræðingum. Umsjónarkennarar eru í nánu samstarfi við sérkennara sem gera einstaklingsnámskrár fyrir þá nemendur sem þess þurfa.
Í sérkennslu er unnið með nemendur sem þurfa verulega aðstoð og kennslu í lestri, stærðfræði, stafsetningu, móðurmáli, ritun og tungumálum. Oftast er gerð einstaklingsnámskrá fyrir hvern nemanda þar sem námsmarkmið eru tilgreind. Unnið er með nemendur í misstórum hópum. Meginmarkmið með sérkennslu í Kársnesskóla er að stuðla að alhliða þroska nemenda. Leitast er við að ná þessu markmiði með jákvæðu viðmóti og virðingu fyrir einstaklingnum um leið og lögð eru fyrir verkefni við hæfi.
Umsjónarkennari skal í samráði við foreldra sækja um sérkennslu fyrir nemanda ef hann telur ástæðu til þess og ef nemandi víkur verulega frá í námi og þroska. Umsóknir um námsaðstoð og greiningu eru sendar til sérkennara á sérstöku eyðublaði. Enginn nemandi fer í sérkennslu/ sérúrræði án slíkrar umsóknar. Greina skal alla nemendur sem sótt er um fyrir í sérkennslu og leggja mat á hvort og hvernig sérkennslu þeir þarfnast. Greiningar fara ýmist fram innan eða utan skóla og eru trúnaðarmál.